枫叶飘落，尘埃落定，南京紫禁城的新主人坐稳了龙椅，大清算即将开始。
朱棣即位后，首先改了年号，将建文年号废除，更改为洪武年号（洪武为朱元璋即位时的年号。）此举意味着建文帝是不被承认的。在洪武年号复称一年后，朱棣再继起永乐年号，从此称其为永乐帝。
这一年，朱棣做了很多事，第一件是恢复建文帝修改洪武年间的一切措施，意即恢复祖制。他打着靖难的旗号起家，如果建文帝做的是对的，那朱棣何来的理由清君侧。姚广孝如下棋般安排着这些措施，一步一步的稳固朱棣的皇位，也越来越受重用。
在靖难一役后，各地的藩王也基本投降了，本来宁王拥有朵颜三卫，实力在各诸王中最为强大。但朵颜三卫已经死在天地罗华手上，从此宁王无所依靠，也无所求。
朱棣还有一个人要解决，那就是人称天下读书种子-方孝孺。
朱棣特地去看了方孝孺。方孝孺思念建文帝，惹得病重，被一干锦衣卫围着。方孝孺见永乐帝进来，既不跪拜，也不行礼，怒发冲关，瞪着永乐帝。
朱棣被瞪着不好意思，讪讪的说：“先生，怎么老想不通呢，何苦给自己找罪受呢？我这是仿效周公辅佐成王。代理天子职权，一心朝政，排内忧，征外患，巩固王朝统治。”
方孝孺怒道：“那成王现在呢？”意为成王至少还活着，那建文帝呢？
永乐帝叹气说：“他竟然想不开，自焚而死。”
方孝孺更怒，又咄咄逼人问：“为何不立成王的儿子为皇帝？”
永乐帝四两拨千斤的回答：“国家需要一个成年的君王。”
“那成王的弟弟呢？”方孝孺说的没错，理应由嫡系来继承。
永乐帝这次无言了，含糊地说：“这是我们朱家的事。”
方孝孺愤而掀被而起，露出里面的白麻孝服，要掉头而出，被锦衣卫拦了下来。
在过往，背对君王是杀头的罪。永乐帝心中怒火燃烧，他死盯着方孝孺的背影，姚广孝知道朱棣已经忍不住了，但是他还是想救救方孝孺一把。因此他神情凝重的暗示永乐帝压下怒火。
朱棣站了起来，烦躁走了几圈，要卸掉心中的恨。
此时姚广孝站出来说了一句，“先生乃文坛领袖，是否能替永乐帝草拟即位诏书。”朱棣看着方孝孺，心里期盼他能答应，这样双方都有台阶下。
方孝孺偏头一看，大笑三声，竟欣然同意。当朱棣和众人以为方孝孺终于回心转意时，方这硬骨头竟然在诏书上挥洒自如的写下：“燕贼篡位”四个大字。龙凤飞舞的草书仿佛在嘲笑朱棣的心病。
永乐帝怒不可及骂道：“信不信，我诛你九族！“，将诏书摔在方孝孺头上，这墨汁尚未干，溅得方孝孺的白麻孝服一点一点飞星。方孝孺淡然自若，只俯首说：“死就死，诛我十族都不怕。国家只有一个皇帝，建文帝。”
种种言语，将永乐帝气的心中锥痛，大开杀戒，当场说道：“就成全你，诛你十族。“喝令两旁锦衣卫将方孝孺押绑赴刑部，不日凌迟处决。
在攻打南京城前，姚广孝曾建议永乐帝不要杀死方孝孺，因为方孝孺是文坛领袖，读书种子，一旦杀死方孝孺，恐怕明朝文风后退数十年，且永乐帝将背负永世骂名。而在姚廣孝的其内心深处，很佩服方孝孺的气节和文笔。这一次，姚广孝还是想救方孝孺。
但永乐帝摇手拒绝姚广孝的提议，他再也听不进去了，如果能忍，当初他就不会造反，追杀建文帝。永乐帝意志坚决，对方孝孺恨之入骨，要求刑部提出了诛十族的刑罚。
古有云，诛九族，来自于秦朝的夷三族法，上自高祖母，下自母族、妻族。永乐帝气急，竟提出诛十族。刑部尚书心惊胆跳上奏询问，“何来十族？”
永乐帝怒答，“那就把他的学生也杀了。”
刑部尚书及满朝文武上下震惊，但是皇帝的旨意，无人敢不从。
就这样，刑部列出了八百七十三人的名单，送抵皇城。朱棣大笔一挥，“全杀了。”史上牵连最广的灭族刑罚产生了，八百多人一夕间灰飞烟灭。